Приказы и директивы Министерства о деятельности института; положения об институте. Протоколы заседаний ученого совета, методической комиссии института; научных конференций; программы, тезисы докладов. Планы научно-исследовательских работ института, противочумных станций и отделений. Отчеты, краткие сведения, обзоры о научной и производственной работе института, противочумных станций и отделений; тематические отчеты. Анализы научно-исследовательской работы; работы по профилактике карантинных и особо опасных инфекций. Акты проверок научно-практической деятельности института. Отзывы, рецензии, рукописи статей; методические разработки сотрудников института. Документы о ходе НИР (обзоры, акты, карты, сводки, программы, методики); о научно-методическом руководстве института деятельностью отделов особо опасных инфекции санэпидемстанций; о внедрении научных достижений института в практику здравоохранения. Список сотрудников, имеющих звания заслуженного врача, заслуженного деятеля науки республики. Переписка института о научной противоэпидемической деятельности с Минздравом, АНН СССР, учреждениями, организациями и предприятиями здравоохранения СССР и Зарубежных стран.