До революции интерес зрителей Ростова к музыкальному театру удовлетворялся гастрольными заезжими труппами. В 1869 году антрепренер Григорий Ставрович Вальяно привозил из Парижа оперетты Жака Оффенбаха. В 1892 году антрепренер Георгий Черкасов основал в городе первый оперный театр. Новый театр работал всего два сезона, однако жанр оперетты прижился в Ростове-на-Дону. Гастроли оперных певцов и музыкантов в Ростов продолжались. Здесь выступали Ф. Шаляпин, С. Рахманинов, А. Скрябин, Л. Собинов и др.

Ростов-на-Дону — один из старейших центров музыкальной жизни Юга России. В 1919 году здесь возник Ростовский театр музыкальной комедии, в январе 1931 года он получил статус государственного. Это был Ростовский-на-Дону театр музыкальной комедии Северо-Кавказского объединения музыкальных, эстрадных и цирковых предприятий (ГОМЭЦ).

Театр начал работать на маленькой сцене клуба Электриков и имел в составе коллектива небольшое количество актеров. Через некоторое время в театр влилась большая актерская группа из Саратова. Первоначально театр находился в структуре Центрального управления государственными цирками (ЦУГЦ). В 1937 году театр уже не придаток цирка, а вполне самостоятельное объединение профессионалов.
Театр Машонкина

С 1935 года и до начала Великой Отечественной войны театр размещался в большом театральном здании бывшего Театра-цирка Машонкиных (в 1930-х годах носил имя К. Маркса), рассчитанном на 1500 зрителей. Здание было построено под цирк. Внутренние помещения в театре могли трансформироваться из цирковых в театральные, купол закрывался подвесным потолком, расширялась сцена, убирались стулья и т. д. Однако для оперной труппы это здание не было удачным. Из-за высокого потолка здания, в нем создавались неблагоприятные акустические условия, сцена не имела никаких механических приспособлений. Во время Великой Отечественной войны здание театра, построенного купцами Машонкиными, сгорело и уже не восстанавливалось.

После войны театр переехал в здание Клуба приказчиков (ул. Серафимовича, 88), построенное в 1899 году и отнесенное ныне к памятникам архитектуры XIX—XX веков. Здесь театр размещался до 1999 года.
Фасад клуба приказчиков со стороны ул. Серафимовича

Большую часть квартала на месте сегодняшнего Ростовского государственного музыкального театра занимали невзрачные одно- и двухэтажные жилые здания, а также двухэтажная физиотерапевтическая больница. В 1960-х годах было решено их снести и построить новый, крупнейший в Ростове универмаг самообслуживания под названием «Суперсам». Но проект универмага был забракован. В то время старое здание театра музкомедии, рядом с администрацией Кировского района, уже было в плохом состоянии, а помещений для оперы и балета не было вовсе. И решили строить современное здание. Правительство страны согласовало только строительство нового здания для театра музкомедии, но городские власти, начав строить по титулу театр музкомедии, всё же имели в виду полноценный музыкальный театр. В 1977 году снесли почти весь квартал и началась стройка театра в виде белого рояля с поднятой крышкой. Создателями нового здания театра стали молодые архитекторы Л. Лобак, Г. Дуков, В. Хафизов.

В 1980-х годах в стране начались экономические трудности. Стройку приостановили, в центре города образовалась запущенная стройплощадка.

Общее время стройки заняло 22 года. В сентябре 1999 года театр переехал в новое здание. Он изменил свой статус и, являясь правопреемником театра музыкальной комедии, включил в свой репертуар оперы, балеты, оперетты, мюзиклы, рок-оперу, музыкальные новеллы, симфонические концерты. Балетную и оперную труппы для нового театра набирали по всей стране.

Театр хранит старинные музыкальные традиции и смело экспериментирует в области современного искусства. Ежегодно театр показывает около 300 спектаклей и концертов на Большой (1008 зрительских мест) и Камерной (238 мест) сценах, а также в музыкально-развлекательном центре «Белый рояль».

За 10 лет на сцене театра были созданы оперные спектакли «Кармен» Ж. Бизе, «Паяцы» Р. Леонкавалло, «Севильский цирюльник» Дж. Россини, «Травиата» и «Риголетто» Дж. Верди, «Мадам Баттерфляй» и «Богема» Дж. Пуччини, «Царская невеста» Н. А. Римского-Корсакова, «Князь Игорь» А. П. Бородина, «Евгений Онегин», «Иоланта» и «Пиковая дама» П. И. Чайковского, «Леди Макбет Мценского уезда» Д. Д. Шостаковича, «Свадьба Фигаро» и «Волшебная флейта» В. А. Моцарта и многие другие; балетные спектакли «Тщетная предосторожность» Л. Герольда и П. Л. Гертеля, «Жизель» А. Адана, «Дон Кихот» Л. Ф. Минкуса, «Лебединое озеро», «Спящая красавица» и «Щелкунчик» П. И. Чайковского, «Болеро» М. Равеля, «Ромео и Джульетта» С. С. Прокофьева, «Гамлет» на музыку Д. Д. Шостаковича, «Драма на охоте» на музыку П. И. Чайковского, «Белоснежка и семь гномов» Т. Кочака; оперетты «Принцесса цирка», «Королева чардаша» и «Баядера» И. Кальмана, «Летучая мышь» и «Цыганский барон» И. Штрауса, «Бал в Савойе» П. Абрахама, «Веселая вдова» Ф. Легара, «Бабий бунт» Е. Н. Птичкина, «Орфей в аду» Ж. Оффенбаха, «Белая акация» И. О. Дунаевского; спектакль-ревю «Звуки мюзикла» и многие другие.

У театра обширная гастрольная география. Труппа побывала на гастролях в Германии, Италии, Испании, Португалии, Великобритании, Ирландии, Объединенных Арабских Эмиратах, Катаре.

В 2008 году впервые в российской практике оперная премьера «Кармен» Ростовского музыкального театра транслировалась на весь мир по сети Интернет согласно условиям ежегодного Международного театрального интернет-фестиваля «Театральная паутина».